La facciata della Grotta della Madonna e la Casa del Custode sono state volute da Bernardo Doebbing. Lo stemma papale sopra l’ingresso ricorda che i luoghi appartengono alla Santa Sede e che la Grotta è una “Basilica Minore”. Dalla piazzetta partono due vie: una che discende alla Basilica di Sant’Elia, chiamata “Via dei Santi” e l’altra chiamata “Via Panoramica” o “Strada S. Giovanni Paolo II”, che attraverso la Casa del Custode risale fino al viale alberato, mostrando tutta la bellezza della Valle Suppentonia.
Le origini della Grotta risalgono al VI secolo: fu questo il luogo in cui i monaci benedettini rendevano culto alla Madonna e si ritiravano in preghiera. Come nei secoli passati, così anche oggi la Grotta è meta di tanti pellegrini e di tutti coloro che vogliono raccogliersi in preghiera, offrendo alla Madonna - come dice un’antica preghiera - “quanto preme al loro cuore”. Il Santuario ma soprattutto la Grotta, è meta significativa per tante famiglie che qui giungono per chiedere la Grazia di un figlio, dono tante volte concesso, come è attestato da molte belle testimonianze.
Non esistono notizie storiche che accertino la Provenienza dell'Immagine miracolosa della Madonna "ad Rupes".
L’autore e il tempo di collocazione del quadro nella Grotta infatti secondo gli esperti, risalirebbero al XVI secolo e molto probabilmente l’attuale quadro su tela, ha sostituito un precedente affresco impresso sulle pareti tufacee della Grotta, ma andato perduto a causa dell’umidità. Nell’iconografia mariana, la Madonna “ad Rupes” è una rarità perché appartiene al ristretto numero di immagini nelle quali la Madonna adora il Figlio che dorme sulle sue ginocchia materne. Dal 15 febbraio 1986 la Vergine “ad Rupes” è Patrona della Diocesi di Civita Castellana.
La scalinata che conduce alla Grotta della Madonna "ad Rupes" è una galleria di 144 gradini, lunga 40 metri e fu realizzata nel 1782 da Fra Andrea Rodio, Terziario Francescano che arrivò a Castel Sant'Elia nel 1777. Fu nominato dal Vescovo di allora, "Custode del Santuario" e per 42 anni lavorò e realizzò opere nel Santuario. La più significativa è la galleria, che scavò a colpi di piccone per 14 anni e che consentiva ai numerosi pellegrini che giungevano in questo luogo, un accesso facilitato alla Grotta della Madonna.
