Il Santuario, “perla dell’Alto Lazio” è situato in una grotta tufacea, nella meravigliosa Valle Suppentonia. La sua storia risale ai primi secoli del cristianesimo quando con l’arrivo nel VI secolo dei Figli di S. Benedetto, nasce nella Valle il culto della Madonna. Con molta probabilità la Valle (la Nepet etrusca la Pentapoli romana) accolse i primi anacoreti che introdussero nell’Occidente la vita monastica. Molti di loro abbracciarono poi la Regola di S. Benedetto vivendo in alcune grotte scavate lungo la rupe (ancora esistenti).
Con l’arrivo, nel 1777, di Fra’ Giuseppe Andrea Rodio (1745-1819), iniziò per il Santuario una epoca nuova. Per facilitare l’accesso alla Grotta di molti pellegrini egli concepì l’idea di scavare nel tufo vivo una galleria. Dopo un immane lavoro durato 14 anni aprì una scala di 144 gradini.
Dal 1892 il Santuario venne affidato ai Frati Minori della Provincia di San Croce in Sassonia. Con il loro instancabile lavoro guidato da Mons. Bernardo Doebbing (1855-1916) il Santuario si sviluppò assumendo l’aspetto odierno
Nell’anno 520 giunsero i monaci Benedettini e a questa epoca risale il culto della Madonna. I Benedettini costruirono la Basilica di Sant’Elia ma nel 1258 abbandonarono il Cenobio e la Basilica. Partiti i Monaci Benedettini, la custodia dell’Abbazia passò ai Canonici di Santo Spirito in Sassia, i quali prestarono servizio all’Abbazia e alla Grotta per 282 anni, cioè fino all’anno 1540. Alla partenza dei Chierici di Santo Spirito, della Basilica di Sant’Elia e della Grotta della Madonna si occuparono i sacerdoti diocesani. In questo periodo la venerazione e il culto alla Madonna rimasero vivi presso le popolazioni locali
Nel gennaio 1982 subentrò all’Ordine dei Francescani una nuova Comunità religiosa: la Congregazione di San Michele Arcangelo (Padri Micaeliti), fondata dal Beato P. Bronislao Markiewicz (1842-1912), la quale è l’attuale custode del Santuario.